Τα έμβρυα δεν έχουν όλα την ίδια ικανότητα να αντεπεξέλθουν στον κύκλο κατάψυξης-απόψυξης. Κατά μέσον όρο, ένα ποσοστό της τάξης του 20-30% των κυττάρων τους καταστρέφονται κατά τη διαδικασία αυτή. Ωστόσο, έχει αποδειχθεί ότι τα έμβρυα που ανέχονται την κατάψυξη έχουν το ίδιο δυναμικό εμφύτευσης όπως και τα νωπά, και σε ορισμένες περιπτώσεις ακόμη μεγαλύτερη πιθανότητα να εμφυτευθούν. Αυτό οφείλεται στο ότι η κατάψυξη επιβάλλει ένα είδος συμπληρωματικής «επιλογής» των καλυτέρων εμβρύων αλλά και στο ότι το παράθυρο εμφύτευσης είναι πιο συγκεκριμένο στους περισσότερους κύκλους εμβρυομεταφοράς κρυοσυντηρημένων εμβρύων, στους οποίους έχει χορηγηθεί ορμονική θεραπεία υποκατάστασης για την κατάλληλη προετοιμασία του ενδομητρίου.
Αυτό που δεν αποκλείεται να συμβεί είναι ορισμένα έμβρυα να μην επιβιώσουν ή να απολέσουν κάποιο ή κάποια βλαστομερίδια κατά την απόψυξή τους. Ωστόσο, η απώλεια ενός, ή και δύο βλαστομεριδίων, δεν εμποδίζει την επιτυχή εμφύτευση του εμβρύου: τα κύτταρα στη φάση αυτή είναι ακόμη ολοδύναμα, δεν έχουν ακόμη διαφοροποιηθεί και το έμβρυο έχει τη δυνατότητα να αναπληρώσει τις απώλειες. Έχουν αναφερθεί κυήσεις και υγιείς γεννήσεις έπειτα από μεταφορά εμβρύων 8 κυττάρων που είχαν απολέσει μέχρι και 7 βλαστομερίδιά τους.
Επίσης, έχουν αναφερθεί γεννήσεις υγιών τέκνων έπειτα από πολλαπλή κρυοσυντήρηση, σε περιπτώσεις όπου έμβρυα τα οποία προέκυψαν από κατεψυγμένα τεμάχια ορχικού ιστού χρειάσθηκε να καταψυχθούν εκ νέου (ως υπεράριθμα). Τα παραδείγματα αυτά δείχνουν ότι η κρυοσυντήρηση ελάχιστα επηρεάζει τα χρωμοσώματα.
